Στόχος της εύκαμπτης κυστεοσκόπησης είναι η άμεση επισκόπηση της ουρήθρας και της ουροδόχου κύστης για ανεύρεση όγκων ή δυσμορφιών.
 
Η εξέταση αυτή μπορεί να γίνει στα πλαίσια ανίχνευσης της αιτίας μια αιματουρίας ή επίμονων δυσουρικών ενοχλημάτων, επιτακτικής ούρησης ή για ανίχνευση στενωμάτων στην ουρήθρα ή στον αυχένα της ουροδόχου κύστης. Ακόμη, χρησιμοποιείται για τον επανέλεγχο ασθενών που έχουν διαγνωστεί και χειρουργηθεί για καρκίνο της ουροδόχου κύστης.  
 
Γίνεται με τοπική αναισθησία (gel ξυλοκαϊνης) και πρακτικά είναι ανώδυνη. Αυτό είναι και το μεγάλο πλεονέκτημα της συγκεκριμένης εξέτασης έναντι της κυστεοσκόπησης με άκαμπτο κυστεοσκόπιο. Στην άκρη του κυστεοσκοπίου υπάρχει μια μικροκάμερα η οποία δίνει την εικόνα του εσωτερικού της ουρήθρας και της ουροδόχου κύστης σε μια εξωτερική οθόνη. Διαρκεί ελάχιστα λεπτά και μετά ο εξεταζόμενος επανέρχεται άμεσα στις δραστηριότητές του.